东山岛,明洪武二十年(1387)置铜山守御千户所,全岛划分为五都和六都,仍属漳浦县。明嘉靖九年(1530年),建诏安县时,划东山岛的五都归之。清雍正十三年(1755),东山岛皆属诏安县。1916年置东山县,属汀漳道,治所铜山城(今铜陵)。
1950年5月12日,东山县解放。历属龙溪专区(地区)、漳州市。1950年5月,全县划为3个区。7月,古雷从第一区分出建第四区。1952年9月,划诏安县大嵼岛入东山县。1955年11月,划出古雷半岛归漳浦县管辖。1956年3月,县人民委员会迁驻西埔。全县划为1镇2区。1957年,撤区并乡。全县划为1个镇(镇以下设街道)、9个大乡(大乡以下设小乡)。1958年9月16日,成立东山县人民公社。随后撤销大乡(镇)、小乡建制,全县划为城关、西埔、康美、杏陈、陈城5个人民公社;县人民公社改称县人民公社联合社。12月,5个人民公社调整为9个生产团。1959年春,撤销东山县人民公社联合社及生产团建制,恢复城关、西埔、康美、杏陈、陈城5个人民公社。1961年4月,析西埔、康美两个公社的部分生产大队增置樟塘、前楼2个公社。至此,全县共有7个人民公社。1975年,撤销城关公社,改置城关镇和铜山公社。1980年,铜山公社并入城关镇,全县共辖1个镇、6个公社。1984年10月,撤销人民公社,实行乡(镇)、村建制。全县划为西埔、城关2个镇及康美、樟塘、杏陈、前楼、陈城5个乡。次年,城关镇改为铜陵镇。1989年12月29日,杏陈、陈城2乡改为镇。1990年,东山县共辖4镇(西埔、铜陵、杏陈、陈城)、3乡(康美、樟塘、前楼),共有14个街道居委会、60个村。
1992年3月,樟塘由乡改镇建制,辖域不变;1992年7月,康美乡改设镇,辖域范围不变。1994年,为申请撤县改市,扩大西埔中心城域区划,将其并入西埔镇。此区划调整 ,县内没有实施。1998年6月3日,前楼乡改设镇,辖域范围不变。至此,全县7个乡镇均完成撤乡建镇。2023年,东山县下辖1个开发区、7个乡镇、61个行政村、25个社区。