东山岛位于东海与南海交汇处，闽南鱼场的中心，由于上升洋流与下降洋流的搅动，海洋生物极为丰富，近海渔场2.63万平方公里，海洋生物量大质优，是国家级鲍鱼标准化养殖示范区。2012年全县水产品加工企业235多家，产值130亿元。水产品出口企业共有52家，其中出口超千万美元31家、超5000万美元8家、超亿美元4家，出口国家和地区主要有台湾、东盟、香港、欧盟等。2012年全县水产品出口15.3亿美元，实现月均出口超亿美元，保持全省县级首位，位居全国县级前列。